Приблизно через півтори години після вильоту літак, який перебував у повітряному просторі Йорданії, спочатку передав код 7700 — міжнародний сигнал загальної аварійної ситуації. Згодом було активовано код 7500, який використовують у випадках викрадення літака або незаконного втручання.
Після цього повітряне судно різко змінило курс і за дві хвилини втратило близько 17 400 футів висоти — з 34 000 до приблизно 16 600 футів — прямуючи до Саудівської Аравії. Пасажири розповідали про крики, кров у кабіні та різке падіння літака. За їхніми словами, пасажири й члени екіпажу змогли знерухомити ймовірного нападника.
Ізраїльський посадовець заявив, що дедалі більше ознак вказують на можливу спробу одного з пілотів захопити контроль над літаком і розбити його. Ізраїльські органи також розглядають версію теракту, але ці дані офіційно не підтверджені.
Непідтверджені повідомлення ізраїльських медіа стверджують, що другим пілотом був громадянин Оману, якого допитують саудівські органи, а командиром — громадянин Об’єднаних Арабських Еміратів. Також поширювалася непідтверджена інформація про російське та українське походження обох пілотів. Flydubai назвала подію насильницьким інцидентом між членами екіпажу та розпочала розслідування. Компанія направила з Дубая до Саудівської Аравії інший літак, щоб перевезти пасажирів до Ізраїлю.
