Рейс FZ 1073 вилетів із міжнародного аеропорту Дубая о 07:05 ранку та мав прибути до аеропорту Бен-Гуріона приблизно о 09:30. Приблизно через півтори години після зльоту, перебуваючи у повітряному просторі Йорданії, літак спочатку передав код 7700, а потім код 7500, який використовують у випадках викрадення повітряного судна.
Літак за дві хвилини втратив 17 400 футів висоти — з 34 000 до приблизно 16 600 футів — і почав прямувати в бік Саудівської Аравії. Через сигнали тривоги ізраїльські винищувачі піднялися в повітря у превентивному порядку, а в Ізраїлі провели екстрені наради з безпеки.
Після посадки пасажири розповіли про крики в салоні та кров у кабіні пілотів. За їхніми словами, один із пілотів отримав ножове поранення, а пасажири й члени екіпажу змогли знерухомити нападника. Ці свідчення також пов’язують із різкою втратою літаком висоти.
У єврейськомовних медіа з’являлися непідтверджені повідомлення про те, що один із пілотів має російське, а інший — українське походження, а також що один із них нібито намагався розбити літак, але другий пілот за допомогою пасажирів йому перешкодив. Ці твердження не були підтверджені в матеріалі як офіційний факт.
Flydubai повідомила, що сигнал тривоги активували через інцидент усередині літака та насильницький конфлікт між членами екіпажу. Компанія розпочала розслідування й направила з Дубая до Саудівської Аравії інший літак, щоб забрати пасажирів і доставити їх до Ізраїлю.
